A Bibó István Szakkollégiumban összesen hét műhely működik: a büntetőjog; a civilisztika; a jogelmélet; a közjog; a nemzetközi- és európai jog; az orientáció, valamint a politikatudomány műhelye. A műhelyek tehát tematikus alapon szerveződnek, leszámítva az orientáció műhelyt, amely főként az első- és másodéves hallgatóknak szervez alapozó kurzusokat.
A műhelyek élén a műhelyvezetés áll, amely rendszerint az adott szakterület három neves szakemberéből kialakított testület. A műhelyvezetők felügyelik a szakmai munkát és bármilyen felmerülő szakmai igény esetén személyesen is konzultálnak a műhely tagjaival, tanácsokkal, javaslatokkal segítik őket. A műhelyvezetés dönt a szakkollégisták adott félévre vonatkozó szakmai terveinek és beszámolóinak elfogadásáról.
A napi szintű tevékenységet a műhelyekben a nevelőtanárok szervezik, akik felmérik a hallgatók kurzus igényeit és gondoskodnak arról, hogy a tagok által preferált kurzusok el is induljanak. A nevelőtanárok tartják folyamatosan a kapcsolatot a szakkollégistákkal, a gyakorlati segítségnyújtás mellett akár informálisabb keretek között, egy ebéd, vagy egy sör mellett is megosztják tapasztalataikat a fiatalabbakkal. A nevelőtanárok rendszerint egykori szakkollégisták, akik a végzést követő időszakban maradnak még aktív kapcsolatban a szakkollégiummal ebben a formában. Néhányan közülük bent is laknak a szakkollégium épületében, de többen végzik ezt a munkát külsősként is.
A műhelyek tagjai az aktív hallgatói jogviszonnyal rendelkező szakkollégisták, akik legalább az egyik pillérüket minden félévben kötelesek az általuk választott műhely keretei között teljesíteni. A szakkollégisták szabadon választják meg azt, melyik műhelyhez csatlakoznak és minden tanév elején lehetőségük van arra is, hogy átlépjenek másik műhelybe.
Az orientáció műhely struktúrája kivételes: a műhely vezetője az igazgató, nevelőtanárok itt nincsenek. Az orientáció műhely ettől eltekintve az újonnan bekerült szakkollégisták szakmai integrációját szolgálja elsősorban alapozó kurzusok meghirdetésével, mint például: retorika, academic writing, érveléstechnika.